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Le competizioni di atletica leggera ai VII Giochi panafricani si sono svolte dal 14 al 17 settembre 1999 allo Johannesburg Stadium di Johannesburg in Sudafrica.
La pista utilizzata per le gare era posta a un'altitudine di 1748 metri sul livello del mare.
Maria de Lurdes Mutola del Mozambico ha vinto il suo terzo titolo consecutivo negli 800 metri. La Nigeria ha vinto tutte e quattro le gare a staffetta: 4×100 metri e 4×400 metri maschili e femminili. Gli atleti sudafricani hanno vinto tutti e quattro gli eventi di lancio maschile.
Rispetto all'edizione precedente, sono stati aggiunti alcuni nuovi eventi femminili: salto con l'asta, lancio del martello e 10 chilometri di marcia su strada.